Чтение hex-кодов

Вам необходим сканер 2D кодов без декодера? А какой формат?
Или я Вас не правильно понял?

Наверное мы говорим на разных языках.
Во-первых, никакого прямого доступа к СОМ-порту не нужно. Есть простая функция CreateFile(). Далее обычное чтение и запись как в файл (ReadFile и WriteFile). Работает везде, на всех Windows. Думаю адаптировать под *nix не составит большого труда. Эти функции есть и там.
Второе. После получения данных командой ReadFile(), во втором параметре (кстати типа LPVOID) Ваши данные. Как Вы их будете отображать или как ими оперировать (хоть сложить побайтово) - это уже дело программиста.
Третье. Ваша задача чисто программная, от аппарата ничего не зависит. По опыту, для Вашей задачи советую взять обязательно с интерфейсом СОМ-порт (RS232 или USB Virtual COM).

Это Вы читали для клавиатурных сканеров. В теории они тоже самое передают, но из-за клавиатурного интерфейса есть масса специфичных настроек. Сом-порт передает за раз 1 байт и что там содержится, абсолютно все равно (за небольшим исключением).
А преобразование одного кода в другой, спецсимволы - это уже настройки не сканера, а типа ШК. Существует масса типов ШК и для многих из них есть специальные настройки, утвержденные ГОСТом.
Но для Вас есть нерадостный нюанс. Не существует тип штрихкода, который бы поддерживал шифрование всех 256 битов. В основном ШК состоит из цифр и букв. Иногда еще знаки припинания и символы. Т.е. непечатный символ зашить в ШК нельзя. Т.е. Вам придется изобретать что-то типа UU-кодирования, используемое для приаттачивания файла к электронному письму. Размер получаемого сообщения увеличивается на 1/3.